Берегаевское сельское поселение расположено в западной части муниципального образования «Тегульдетский район» в 50 км от районного центра с. Тегульдет.
В его состав входят следующие населенные пункты:
- п. Берегаево (административный центр поселения),
- п. Красный Яр,
- д. Красная Горка.
Границы поселения установлены Законом Томской области 09.09.2004 № 197-ОЗ «О наделении статусом муниципального района, сельского поселения и установлении границ муниципальных образований на территории Тегульдетского района».
Берегаевское поселение граничит на севере с муниципальным образованием «Каргасокский район», на востоке — с муниципальным образованием «Верхнекетский район», на юге — с муниципальным образованием «Зырянский район» и Черноярским сельским поселением, на юго — западе с муниципальным образованием «Первомайский район», на западе — с Тегульдетским сельским поселением.